La erupción se cree que comenzó el 20 de marzo de 2010,1 2 a unos 8 kilómetros al este del cráter del volcán, en la región de Fimmvörðuháls, donde es muy popular la práctica delsenderismo. Esta primera erupción no ocurrió en el glaciar y fue menor que la prevista por algunos geólogos, puesto que desde el 4 de marzo se había detectado una deformación del volcán, que presentaba una tasa de crecimiento de un centímetro diario, fruto del ascenso del magma, que fue acompañada de una serie de sismos, lo que hizo desalojar a los habitantes más cercanos al glaciar.
La erupción se dio en una fisura volcánica, abierta en el flanco oriental del volcán, a unos 1000 metros de altitud, de entre 300 y 500 metros de largo y orientada en dirección noreste-suroeste. La lava pasó entre las capas de hielo de Eyjafjallajökull y Mýrdalsjökull. Una docena de fuentes de lava, de cientos de metros de alto, brotó por la fisura. La erupción fue de tipo hawaiano con un índice de explosividad volcánica de 1. Estas fuentes de lava estuvieron acompañadas de un penacho volcánico de menos de un kilómetro de altura, que fue empujado por los vientos hacia el oeste y tuvo un impacto de tefra muy bajo. Estos fenómenos volcánicos fueron observados desde el aire por la mañana y la alta temperatura de la lava fue detectada por satélites equipados con el sensor MODIS, de modo que las autoridades declararon el estado de emergencia en el sur de Islandia unas horas después del inicio de la erupción, obligando a la evacuación de los habitantes de Fljótshlíð debido al riesgo de inundaciones. Existen temores de la reactivación del volcán Katla, ya que se considera que ambos volcanes han estado relacionados en sus erupciones pasadas.
Durante las primeras horas de la erupción, un pequeño flujo de lava se desplazó al noreste de la garganta a través de Hrunagil, cerca de la zona de riesgo de fusión de la capa de hielo del glaciar y por tanto de inundación de las zonas bajas. El 26 de marzo la lava aumenta y discurre al mismo tiempo por una segunda garganta situada al oeste de la primera, en Hvannárgil. El 31 de marzo por la tarde, se forma una segunda fisura volcánica de unos 300 metros de largo al noroeste de la primera. Las dos fisuras provocaron que grandes cascadas de lava se dirigiesen hacia el valle Þórsmörk en el norte. Desde 5 de abril, se calmó la erupción al perder intensidad los temblores. Sin embargo, al día siguiente, a las 15.00 horas (hora local) se produjo un terremoto de magnitud 3,7 en la escala de Richter, el más fuerte desde el comienzo de los acontecimientos, con su hipocentro localizado a tres kilómetros de profundidad, más cercano a la superficie que la media de los terremotos registrados anteriormente que era de diez kilómetros. El 7 de abril la erupción se detiene por primera vez, aunque sigue emitiendo gases volcánicos. La segunda grieta deja de expulsar lava el 12 de abril, marcando el final de la primera fase eruptiva. La lava ocupaba una superficie de 1,27 kilómetros con un espesor estimado de entre diez y veinte metros, mientras que los cráteres recién formados aumentaron su altura en 82 metros. La lava es basáltica, rica en olivino con un porcentaje de sílice del 47%.
La primera fase eruptiva se cerró sin causar víctimas o daños, ya que en la zona no había viviendas o infraestructuras. Las medidas preventivas fueron eficaces con la evacuación de unas cincuenta personas que vivían cerca del lugar de la erupción y la prohibición de acceso al lugar de la erupción.
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